Biopankkiaineisto

Ainutlaatuinen aineisto mahdollistaa korkealaatuista tutkimusta! Veripalvelun biopankkiin kerätään biopankkiin liittyneiden verenluovuttajien näytteitä ja tietoja verenluovutuksen yhteydessä.

Veripalvelun biopankin Buffy Coat -valmisteita putkissa.

Miksi valita meidät?

Veripalvelun laatujärjestelmä ja ammattitaitoinen henkilökuntamme varmistaa näytteidemme korkean laadun. Tavoitteenamme on jatkuvasti kehittää palveluitamme.

Kasvava kokoelmamme kerätään verenluovutuskelpoisilta henkilöiltä koko Suomen alueelta. Aineistoomme sisältyy mm. pitkittäisnäytteitä, erityiskokoelmia sekä genomitietoa.

Tutkimustarpeen mukaisesti voimme tarvittaessa toteuttaa räätälöityjä näytekeräyksiä tai toimittaa aineistoa esimerkiksi feno- tai genotyypin perusteella. Voimme toimittaa näytteitä tuoreena tai pakastettuna. Aineistoa on mahdollista hakea tutkimuskäyttöön tietyn kriteerin, esimerkiksi terveystiedon tai demografisen tiedon perusteella. Aineisto soveltuu hyvin käytettäväksi myös verrokkiaineistona.

Valmiiksi kerätyt näytteet

Valmiina olevien näytteiden osalta näytteiden valikoinnissa voidaan ottaa huomioon esimerkiksi näytteenantajan geno- tai fenotyyppi soveltuvin osin. Kaikista näytteistä on saatavilla aikaleimat keräyksestä, käsittelystä ja pakastuksesta. Näytteet on kerätty verenluovutuksen yhteydessä biopankkiin liittyneiltä verenluovutuskriteerit täyttäviltä henkilöiltä.

DNA-näyte

Näytteet on kerätty vuosina 2017–2024. Tuoreesta tai pakastetusta 4 ml EDTA-kokoverinäytteestä eristetään DNA QIAsymphony-eristysautomaatilla (QIAGEN®). Eristysmenetelmä perustuu magneettipartikkeleihin. Näytteet säilytetään -80°C syväjääpakastimessa.

Plasmanäyte (alle 4 h/ alle 24 h)

Näytteet on kerätty vuosina 2019–2024. Plasma erotellaan 4 ml EDTA-kokoverinäytteestä manuaalisesti tai nesteenkäsittelyrobotilla. Alierät pakastetaan neljän tunnin sisällä tai seuraavana päivänä verenluovutuksesta (alle 24 h). Säilytys -80°C syväjääpakastimessa. Yhden alierän volyymi on 230 µl/kryoputki.

Seeruminäyte (alle 4 h/alle 24 h)

Näytteet on kerätty vuosina 2019–2024. Seerumi erotellaan seerumiputkesta saman päivän aikana (alle 4 h) tai seuraavana päivänä verenluovutuksesta (alle 24 h). Näytteet säilytetään -80°C syväjääpakastimessa. Näytteen volyymi on 230–1000 µl/kryoputki.

Solunäyte (PBMC)

Näytteet on kerätty vuosina 2021–2024. Solueristys tapahtuu luovutetun sentrifugoidun veren valkosolu-verihiutaleosuudesta (BC, Buffy Coat), josta eristetään perifeerisen veren mononukleaariset solut (PBMC). Solueristyksessä käytetään Ficoll-menetelmää. Solueristys tapahtuu aina seuraavana päivänä verenluovutuksesta. Näytteet säilytetään -180°C nestetyppipakastimessa.

Istukkaverikokoelma

SPR Veripalvelu keräsi vuosina 1999–2013 suostumuksen antaneilta vastasynnyttäneiltä äideiltä istukkaverta Istukkaveripankkiin (IVP). Näytteet on siirretty Veripalvelun biopankkiin erillisellä suostumusmenettelyllä vuonna 2023.

Istukkaverivalmiste on istukasta lapsen syntymän yhteydessä kerättyä verta. Istukkaveriyksiköstä on otettu valmistuksen aikana näytteitä mahdollisia myöhemmin tehtäviä lisätutkimuksia varten. Myös äidistä on arkistoituna verinäytteitä (plasmaa, seerumia ja valkosoluja) mahdollisia lisätutkimuksia varten.

Näytteet täyttävät kaikki kliinisen valmisteen vaatimat mittaukset. Näytteet säilytetään -180°C nestetyppipakastimessa.

Istukkaveren kantasoluvalmiste

197 luovuttajaa.

Verivalmistenäytetyypit: Plasma (natiivi), Plasma (20% HES), Elävät solut (10% DMSO), DNA.
Arkistonäytetyypit (äitinäytteet): Plasma, Seerumi, Buffy Coat.

Näytteisiin liittyvä data-aineisto

Istukkaverivalmisteen prosessoinnin aikaleimatiedot, veriryhmätiedot, solumäärät, kudostyyppi (mm. HLA-A, -B, -C, -DRB1), raskauskertomus, perusverenkuva.

Näytekeräys tutkimustarpeen mukaan

Näytteitä voidaan kerätä myös räätälöidysti tutkimustarpeen mukaan esimerkiksi geno- tai fenotyypin perusteella. Näytekeräys voidaan toteuttaa esimerkiksi tietyllä Suomen alueella, tietystä ikäryhmästä, tai muun kriteerin perusteella. Kerättävät näytteet ovat verta tai veren osia, esimerkiksi tuore tai pakastettu kokoveri ja buffy coat. Näytteitä kerätään ainoastaan biopankkiin liittyneiltä verenluovuttajilta.

Kokoverinäyte

Näyte kerätään verenluovutuksen yhteydessä verenluovutuskriteerit täyttäviltä henkilöiltä. Näyte kerätään lähtökohtaisesti 4–10 ml EDTA-putkeen, mutta näyte voidaan kerätä tarvittaessa myös muunlaiseen näytteenottoputkeen (esim. Litium-Hepariini, Cell-Free DNA BCT). Näytteen kokonaistilavuus yhdeltä henkilöltä on enintään 12 ml. Näytteet voidaan toimittaa tuoreina tai pakastettuina.

Buffy Coat

Näyte kerätään verenluovutuksen yhteydessä verenluovutuskriteerit täyttäviltä henkilöiltä. Buffy Coat on luovutetun sentrifugoidun veren valkosolu-verihiutaleosuus, joka sisältää lisäksi pienen määrän plasmaa ja punasoluja. Näyte toimitetaan seuraavana päivänä verenluovutuksesta. Yhden Buffy Coatin kokonaistilavuus on n. 55 ml.

Näytteenantajat

Voimassa oleva biopankkisuostumus ja -hyväksyntä biopankissa, suostumus kutsua osallistumaan uuteen tutkimukseen (recall). Luvut suuntaa antavia, luvut päivitetty 10/2024.

Tieto	Nainen	Mies	Yhteensä
Suostumus voimassa	43 096	27 485	70 581
Kutsuttavissa	40 915	25 951	66 866

Terveyteen liittyvät muut tiedot

Biopankin lisätietolomakkeella 2017 alkaen kerätyt näytteenantajan itseilmoittamat terveystiedot. Luvut suuntaa antavia, päivitetty 3/24.

Tieto	Tieto saatavilla / näytteenantaja	Lisätiedot
Pituus	67600	itse ilmoitettu
Paino	67300	itse ilmoitettu
Tupakointi	67700	itse ilmoitettu

Näyteaineisto

Näytteet on kerätty verenluovutuksen yhteydessä verenluovutuskriteerit täyttäviltä henkilöiltä. Näytteistä on saatavilla aikaleimat keräyksestä, käsittelystä ja pakastuksesta. Pitkittäisnäytteellä tarkoitetaan vähintään 2 näytettä eri aikapisteissä kerättynä samalta näytteenantajalta. Luvut suuntaa antavia, päivitetty 10/24.

Näyte	Näytteenantaja	Pitkittäisnäyte
DNA	67 200	na
Plasma	7 800	611
Seerumi	4300	66
PBMC	3 300	127

Saatavilla oleva data

Aineistossamme on saatavilla tietoa näytteenantajista ja näytteistä määritettyä tietoa. Näytteenantajista saatavilla olevia tietoja ovat mm. ikä, sukupuoli ja asuinpaikka. Lisäksi osasta näytteenantajista on saatavilla myös tarkempaa tietoa, kuten immunogeneettinen tieto tai genotyyppi. Saatavilla on myös näytteenantajan verenluovutushistoriatietoja, kuten veriryhmä, hemoglobiini, luovutusten lukumäärä ja luovutuskelpoisuus. Näytteistä määritetyt laboratorioanalyysit ovat myös tutkijan saatavilla (ks. alla). Tutkimushankkeista palautuva erikoisanalytiikkadata on hyödynnettävissä seuraavissa tutkimuksissa. Luvut suuntaa antavia, päivitetty 9/24.

Tieto	Tieto saatavilla / näytteenantaja	Lisätiedot
Genotyyppi*	57000
Immunogeneettinen tieto (klassinen HLA, KIR)*	35400	Imputoitu tieto
Immunogeneettinen tieto (non-klassinen HLA tieto)*	500	Kliinisen tason tieto
Immunogeneettinen tieto (MICA/MICB)*	800	Kliinisen tason tieto
Kliininen kemia*	2500
Täydellinen verenkuva*	3000

*HLA/ KIR

Lisätietoa NAR Genomics and Bioinformatics -julkaisussa (englanniksi).

*Genotyyppi

Genotyyppidata on palautunut biopankkiin FinnGen- hankkeesta. FinnGen -hankkeen genotyypitys on tehty FinnGen ThermoFisher Axiom räätälöidyllä arraylla Thermo Fisherin genotyypityspalveluissa San Diegossa. Lisätietoa saat FinnGen-hankkeen sivuilta (englanniksi).

*Kliininen kemia

peruskemian analyysit: S -ALAT, S-Lipidit, S-Gluk, S -Na, S -K, S -Krea, S –
AFOS, S -ASAT, S -Ca, S -Prot, S-Pi, S -Alb.

*Täydellinen verenkuva

B-TVK: hemoglobiini (B-Hb), hematokriitti (B-Hkr), punasolujen määrä (B-Eryt), punasolujen keskitilavuus (E-MCV), punasolujen keskimääräinen hemoglobiinin määrä (E-MCH), trombosyytit (B-Tromb), leukosyytit (fB-Leuk), leukosyyttien erittelylaskenta (B-Diffi), neutrofiilit (B-Neut ja L-Neut% ), eosinofiilit (B-Eos Ja L-Eos%), basofiilit (B-Baso ja L-Baso%), monosyytit (B-Monos ja L-monos%), lymfosyytit (B-Ly ja L-Ly%), punasolujen kokojakauma E-RDW.